Как мога да помогна и аз?

Светът е в пандемия! Хвана ни неподготвени или поне не напълно подготвени да посрещнем заплахата с пълния ни потенциал. Шокът и паниката от първите дни отмина, човечеството бързо се ориентираме в новата обстановка. Адаптираме се – хора сме, това правим най-добре. Адаптираме се и просперираме заедно напред. Затова сме живите организми, които владеят нашата планета Земя, че дори със сигурност и нашата Слънчева система.

Умни сме, находчиви сме, хора сме и ще намерим път и научен метод, чрез който да се справим с един нежив нашественик от микро света. Правили сме го вече, многократно, ще го направим и сега. Вече сме мобилизирани, няма как да бъдем изненадани повече.

Ние по-обикновените хора, не тези с научни и медицински титли. Тези, които не сме на първа линия, тези без експертиза в проблемната област, също можем да помогнем. Искаме го, защото сме хора. Помагаме както ни казват: да стоим вкъщи, дезинфекцираме старателно, пазим по-възрастните от нас, помагаме на съседи в нужда. Но можем да направим и друго. Можем да помогнем да намерим път, чрез който да бъде създадено лекарство.

Да сгъваме заедно!

След експлозивното разпространение на sars-cov-2 през януари и февруари тази година, един стар проект за разпределени изчисления с медицински цели – folding@home – бързо се ориентира и създаде няколко проекта. С цел изучаване на структурата и поведението на протеина, който вирусът използва да се прикачва към рецепторите на клетките на белия дроб.

Целта на тези проекти е да се изследва и моделира поведението на този протеин, така че да може да се създаде механизъм, чрез който инфектирането да бъде предотвратено. Протеинът, който в момента се изследва е този отбелязан с червен цвят на снимката по-долу.

Протеините нямат статична структура. Те се движат, сгъват се и се разгъват динамично. Могат да приемат много различни пространствени форми. Моделирането на тяхното движение в 3D света е един тежък за изчисление физичен модел. Задачата не е лека, но човечеството бе подготвено – folding@home е солиден проект с 19 годишна история. Той бе на точното място, в точното време и е ръководен от правилните хора – д-р Грег Боуман.

С обявяването на изследователските проекти за борба с COVID-19 на помощ откликват водещи технологични компании като NVIDIA, Intel, VMware и други. Влиятелни личности в технологичния свят също подкрепят инициативата и ѝ дават гласност. За няколко дни изчислителните ресурсите, на разположение на folding@home растат стремглаво и на 20 Март бе отбелязано, че общата изчислителна мощ, с която разполагат, е 470 petaFLOPs (!). За да можем да си представим какво представлява тази стойност, тя е:

• Повече от 2х по голяма от пиковата мощност на Summit суперкомпютъра на IBM. (който също е впрегнат в битката с COVID-19 (!))
• Повече от нормалната изчислителна мощ на първите 7 суперкомпютри от списъка TOP500.

На 25 Март наличната изчислителна мощ се удвои, премина бариерата от exaFLOP (!!!). Вече и ние хората разпространяваме мощта си в логаритмичната скала!

Thanks to our AMAZING community, we’ve crossed the exaFLOP barrier! That’s over a 1,000,000,000,000,000,000 operations per second, making us ~10x faster than the IBM Summit! pic.twitter.com/mPMnb4xdH3

— Folding@home (@foldingathome) March 25, 2020

Резултатите не закъсняват, академичните и медицинските общностите, използвайки моделираните резултати, вече са идентифицирали няколко потенциални вектори на атака. А за нас, по обикновените хора, остава чувството, че всеки един от нас е допринесъл към общата ни цел. Е да и да се любуваме на визуализации като тази направена с помощта на процесора и видеокартата на нашите лични машини 🙂

As promised, here is our first glimpse of the #COVID19 spike protein (aka the demogorgon) in action, courtesy of @foldingathome . More to come! pic.twitter.com/iD2crCMHcX

— Greg Bowman (@drGregBowman) March 16, 2020

Как можете да се включите?

1. Свалете клиента за вашата платформа: https://foldingathome.org/start-folding/
   • Има за: Windows, macOS, linux, Android
   • За любопитните, може да разгледате дори кода: https://github.com/FoldingAtHome
2. Стартирайте клиента и започнете “сгъването” 🙂
   • Геймифицирайте битката и трупайте точки, гордейте се с тях 🙂
   • Поканете приятелите си, създайте отбор заедно, и се състезавайте

За любопитните, кои точно проекти помагат пряко в борбата с нашественика, към първите 4 проекта:

• 11742: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease in complex with an inhibitor. atoms: 62227, credit: 9405
• 11743: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease – potential drug target. atoms: 62180, credit: 9405
• 11744: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 109578, credit: 7608
• 11745: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain mutated to the SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 110370, credit: 7685

Бързо се присъединиха още 19 и към момента общият брой е 23 (11741, 11742, 11743, 11744, 11745, 11746, 11747, 11748, 11749, 11750, 11751, 11752, 11759, 11760, 11761, 11762, 11763, 11764, 14328, 14329, 14530, 14531, 14532). Скоро ще има и още. Актуален списък с проекти и техните цели може да се намери тук: https://apps.foldingathome.org/psummary

Ако проекта, по който дарявате ресурси в момента не е от този списък, не прекъсвайте работа, вие помагате и за други важни проблеми като Рак, Паркинсон, Алцхаймер и други.

Нека сгънем нашественика заедно 🙂

п.с.

Не всичко е пари, миньорите също са на помощ. 😉

Редакцията благодари за безапелационния професионализъм на Боби Танев! (@btanev)

*Заглавието е на редакцията.